Identification des moisissures par MALDI-TOF en laboratoire

Le MALDI-TOF est une technique de laboratoire qui peut servir à identifier des isolats de champignons filamenteux, également appelés moisissures. [1] Le protocole disponible concerne la plateforme Bruker Biotyper et une méthode d'extraction adaptée aux organismes représentés dans les bases Bruker et MicrobeNet. [1] Il décrit une identification au niveau du genre ou de l'espèce, mais ne documente pas l'ensemble des méthodes pouvant être regroupées sous l'expression « typage mycologique ». [1]

Quel matériel fongique est analysé ?

Dans ce protocole, l'analyse porte sur un isolat de moisissure préalablement cultivé sur une gélose de Sabouraud. [1] Pour l'identification courante, le document prévoit l'utilisation de cultures incubées pendant trois à sept jours. [1] Certaines moisissures à croissance lente peuvent nécessiter sept à dix jours de culture avant l'analyse. [1] Ces durées correspondent à la croissance de la culture dans cette procédure et ne constituent pas un délai global de rendu d'un résultat au patient. [1]

Comment se déroule l'identification en laboratoire ?

Le laboratoire prélève sur la culture du matériel comprenant si possible des spores et des filaments fongiques, sans emporter de gélose. [1] Le matériel est préparé en double avec une extraction utilisant notamment de l'éthanol, de l'acide formique et de l'acétonitrile. [1] Une partie du liquide obtenu est déposée en double sur une plaque métallique, puis recouverte d'une matrice avant l'analyse. [1] La plaque doit être complètement sèche avant son insertion dans l'appareil et doit être analysée dans les vingt-quatre heures suivant sa préparation. [1] Les spectres produits par l'appareil sont ensuite interprétés à l'aide de la base de données Bruker. [1]

Quels contrôles encadrent l'analyse ?

Chaque série d'analyses doit comprendre des moisissures de contrôle validées, le protocole citant notamment Aspergillus fumigatus et Aspergillus flavus. [1] Au moins l'un des deux dépôts de chaque souche de contrôle doit obtenir un score d'au moins 1,7 avec une identification correcte du genre et sans résultat contradictoire entre les doubles. [1] Si les contrôles n'atteignent pas ces critères ou donnent une identification incorrecte, les résultats ne peuvent pas être interprétés et la procédure doit être répétée. [1] Le laboratoire doit également enregistrer l'emplacement de chaque échantillon sur la plaque et vérifier sa correspondance avec le numéro d'origine. [1]

Comment le résultat technique est-il interprété ?

Dans les critères du fabricant repris par ce protocole, un score supérieur ou égal à 2,0 permet une identification de l'espèce pour au moins l'un des dépôts en double. [1] Un score compris entre 1,7 et 1,9 conduit seulement à une identification au niveau du genre. [1] Un laboratoire peut valider localement un seuil inférieur pour l'identification de l'espèce, de sorte que les critères doivent être rapportés au système effectivement validé par le laboratoire. [1] Ces scores sont des critères analytiques propres à la comparaison du spectre avec une base de données. [1]

Que se passe-t-il si la moisissure n'est pas identifiée ?

Si aucune identification de l'espèce n'est obtenue, le protocole prévoit de recommencer l'extraction et l'analyse à partir d'une nouvelle sous-culture. [1] Si la seconde tentative ne permet toujours pas l'identification, l'isolat doit être étudié par une autre méthode. [1] La méthode est optimisée pour les isolats représentés dans les bases de données utilisées, ce qui délimite son champ d'application. [1]

Pourquoi cette procédure reste-t-elle réservée au laboratoire ?

La préparation doit être réalisée dans une enceinte de sécurité biologique avec les équipements de protection prévus par le laboratoire. [1] Le protocole signale notamment que l'acide formique est inflammable, toxique et corrosif, tandis que la matrice HCCA peut irriter la peau et gravement irriter les yeux. [1] Le CDC présente ce document comme un exemple de procédure que chaque laboratoire doit adapter à ses exigences réglementaires, à son système de qualité et à ses règles de sécurité. [1] Cette source technique ne décrit ni le prélèvement initial chez le patient, ni l'interprétation médicale du résultat, ni la conduite thérapeutique qui pourrait en découler. [1]