Réinfection : comprendre le terme et les limites du diagnostic

La réinfection n’est pas une maladie unique, mais une notion employée lorsqu’un nouvel épisode infectieux est considéré comme distinct d’un épisode antérieur. [2] [4] Les critères utilisés pour reconnaître ce nouvel épisode varient selon le micro-organisme, le délai écoulé, les examens disponibles et le contexte clinique ou épidémiologique. [2] [3] Une nouvelle détection d’un agent infectieux ne suffit donc pas, à elle seule et dans toutes les infections, à démontrer une réinfection. [2] [3]

Pourquoi la définition dépend-elle de l’infection concernée ?

Dans les études sur le SARS-CoV-2, plusieurs définitions de la réinfection ont coexisté, notamment avec un délai minimal de 45 ou de 90 jours entre deux épisodes positifs. [2] Certaines définitions ajoutaient un test RT-PCR négatif entre les deux épisodes, des symptômes lors du second épisode, un contact avec un cas confirmé ou la mise en évidence de deux souches génétiquement différentes. [2] Ces différences montrent qu’un seuil temporel isolé ne constitue pas une définition générale de la réinfection. [2]

Le cytomégalovirus illustre une autre distinction importante : après la première infection, le virus peut rester latent dans l’organisme pendant toute la vie. [4] Un nouvel épisode lié au cytomégalovirus peut correspondre soit à la réactivation du virus déjà présent, soit à une réinfection par une nouvelle souche. [4] Ces deux situations sont regroupées parmi les infections non primaires, mais elles ne décrivent pas le même mécanisme. [4]

Comment une réinfection peut-elle être établie ?

Pour le SARS-CoV-2, la mise en évidence de souches phylogénétiquement différentes lors des deux épisodes apporte un argument direct en faveur d’une réinfection. [2] Une étude italienne a toutefois souligné que l’absence de données génétiques limitait la certitude du diagnostic, même lorsque deux tests RT-PCR positifs séparés d’au moins 45 jours et un test négatif intermédiaire étaient exigés. [3] L’exigence d’un test négatif intermédiaire peut aussi faire manquer des réinfections chez les personnes qui n’ont pas été testées après leur guérison. [3]

En France, le séquençage du génome complet du SARS-CoV-2 est la méthode de référence pour caractériser avec certitude le variant responsable d’une infection. [1] Cette surveillance sert notamment à suivre les variants circulants, à détecter de nouveaux variants et à étudier certains profils particuliers, dont les réinfections. [1] Ces méthodes de surveillance ne constituent pas à elles seules une démarche diagnostique individuelle applicable à toute personne et à tout agent infectieux. [1] [2]

Quels risques peuvent être associés à une réinfection ?

Le risque et la gravité d’une réinfection ne peuvent pas être estimés de manière générale, car ils dépendent notamment de l’agent infectieux, de la souche et de la population étudiée. [2] [4] Certains variants du SARS-CoV-2 ont présenté une transmissibilité ou une gravité accrue, ou encore un échappement immunitaire. [1] Dans une méta-analyse publiée en 2022, portant sur des personnes guéries d’un premier épisode de SARS-CoV-2, la vaccination était associée à une diminution des probabilités de réinfection et de forme sévère lors d’une réinfection. [2] L’interprétation de cette méta-analyse est limitée par une hétérogénéité importante entre les études, des définitions variables de la réinfection et l’évolution ultérieure des variants. [2]

Dans l’infection à cytomégalovirus, une immunité préexistante n’empêche pas toujours une réactivation, une réinfection par une autre souche ou une transmission au fœtus pendant la grossesse. [4] Le diagnostic d’une infection maternelle non primaire à cytomégalovirus reste difficile, car aucun examen isolé ne permet d’identifier de façon fiable toutes les femmes déjà immunisées qui risquent de transmettre l’infection au fœtus. [4] Cet exemple ne doit pas être transposé aux autres infections, mais il montre pourquoi les risques et le suivi doivent être définis en fonction de la cause et du terrain. [4] [2]