Dysbiose : signification du terme et limites des connaissances

Le terme « dysbiose » désigne, dans les travaux disponibles, une modification de la composition ou du fonctionnement d’un microbiome normalement en relation avec son hôte. [3] Cette notion est surtout employée ici dans des recherches sur les microbiomes oral, gastrique et intestinal, et non comme le nom d’une maladie unique. [3] Son interprétation dépend du site étudié, de la maladie recherchée et de la méthode utilisée pour analyser les micro-organismes. [3]

Qu’est-ce que le microbiome humain ?

Le microbiome humain comprend notamment des bactéries, des champignons, des protozoaires eucaryotes et des virus. [3] Les communautés microbiennes de la bouche, de la peau, de l’intestin ou du vagin ne sont pas identiques et occupent des niches biologiques différentes. [3] Dans l’intestin, les micro-organismes participent notamment à la digestion, au métabolisme et aux interactions avec le système immunitaire. [3] L’équilibre du microbiome intestinal et l’immunité de l’hôte s’influencent réciproquement. [3]

Une association avec une maladie ne prouve pas une cause

Des modifications du microbiome sont observées en association avec différentes maladies, mais leur rôle exact peut rester incertain. [1] [3] Dans les spondyloarthrites, une corrélation a été rapportée entre l’activité de la maladie et l’abondance de la bactérie Ruminococcus gnavus dans les selles. [1] La même recherche précise toutefois que des expérimentations supplémentaires sont nécessaires pour étayer l’hypothèse d’un rôle pathogène de cette bactérie. [1] Dans les cancers digestifs, des altérations de communautés microbiennes pourraient agir par des voies inflammatoires, immunitaires, métaboliques ou liées à la barrière épithéliale. [3] Ces mécanismes possibles ne signifient pas que toute dysbiose provoque un cancer. [3]

Pourquoi l’interprétation des analyses reste difficile

Les résultats des études sur le microbiome varient notamment selon les individus, l’alimentation, les médicaments, la zone géographique, le prélèvement et la technique de séquençage. [3] Ces différences compliquent la comparaison des profils microbiens et la définition d’un profil anormal applicable à tous. [3] Même dans le domaine très étudié des cancers digestifs, les marqueurs microbiens proposés ne disposent pas encore de preuves suffisantes pour une utilisation clinique courante. [3] La présence d’ADN microbien dans le sang doit également être interprétée avec prudence, car l’existence d’un microbiome sanguin stable reste controversée et les contaminations constituent une difficulté méthodologique majeure. [3]

Les probiotiques corrigent-ils une dysbiose ?

Une revue systématique publiée en 2014 a étudié des essais randomisés dans lesquels des probiotiques étaient administrés pour prévenir ou traiter différentes maladies. [2] L’effet microbiologique observé dépendait de la population étudiée, du moment des prélèvements et de la souche probiotique évaluée. [2] Cette revue concluait que l’affirmation selon laquelle les probiotiques corrigent une dysbiose était mal étayée pour la plupart des souches. [2] Ses conclusions ne permettent donc pas d’attribuer le même effet à tous les produits probiotiques ni à toutes les situations cliniques. [2]