Techniques microbiologiques en cas d’infection suspectée ou de sepsis

Les examens microbiologiques regroupent ici les prélèvements utilisés pour rechercher un micro-organisme dans le sang, les urines ou les sécrétions respiratoires lorsqu’une infection est suspectée. [1] Leur indication dépend du type d’infection envisagé, du risque d’évolution vers un sepsis, de l’âge du patient et de la possibilité d’obtenir rapidement le prélèvement et son résultat. [1] Ces examens ne doivent pas retarder une prise en charge urgente lorsqu’un sepsis est suspecté. [1]

Quels prélèvements microbiologiques peuvent être réalisés ?

L’hémoculture consiste à mettre du sang en culture afin de contribuer au diagnostic d’une infection du sang par une bactérie ou un champignon. [1] Chez l’adulte, la sensibilité de l’hémoculture dépend notamment du volume total de sang recueilli et du remplissage correct des flacons. [1] Chez l’enfant, le volume de sang mis en culture doit être adapté au poids, car les volumes nécessaires évoluent avec l’âge et la concentration bactérienne attendue. [1] L’ECBU est l’examen cytobactériologique des urines et l’ECBC l’examen cytobactériologique des crachats. [1]

Quand ces examens sont-ils indiqués en ville ?

Chez une personne ambulatoire sans facteur de risque d’évolution vers un sepsis, les prélèvements microbiologiques ne sont pas recommandés de manière systématique, sauf en cas de suspicion d’infection urinaire. [1] Lorsqu’une infection urinaire est suspectée, les recommandations prévoient la réalisation d’un ECBU. [1] Chez un adulte ambulatoire présentant une infection suspectée ou cliniquement documentée et des facteurs de risque de sepsis, une hémoculture, un ECBU ou un ECBC peuvent être réalisés selon le contexte. [1] Cette démarche n’est appropriée que si l’organisation locale permet la prise en charge sans délai du patient, des échantillons et de l’examen. [1] Les facteurs associés à un risque accru comprennent notamment les âges extrêmes, la grossesse ou le post-partum, une fragilité sévère, une immunodépression, certaines maladies chroniques, une chirurgie récente, un dispositif médical implantable ou un antécédent de sepsis. [1]

Situation particulière de l’enfant suspect de sepsis

Chez un enfant ambulatoire suspect de sepsis, aucun examen microbiologique ne doit être réalisé en ville avant l’organisation du transfert vers les urgences après contact avec le centre 15. [1] Chez un enfant de moins d’un mois, toute fièvre doit faire suspecter un sepsis et justifie un adressage sans délai aux urgences pédiatriques pour évaluation. [1] Chez un enfant fébrile, une anomalie de la conscience, du comportement, de la coloration, de la respiration, de la perfusion périphérique ou l’apparition d’un purpura justifie un avis auprès du centre 15, sauf en cas de tachycardie isolée. [1]

Examens microbiologiques et autres analyses : ne pas les confondre

Le lactate, la protéine C réactive appelée CRP et la procalcitonine appelée PCT sont des biomarqueurs, et non des examens microbiologiques identifiant directement un micro-organisme. [1] Chez un patient ambulatoire ayant une infection suspectée ou documentée, leur dosage n’est pas recommandé pour identifier précocement un sepsis. [1] Cette restriction en ville ne signifie pas que le lactate est inutile à l’hôpital, où il fait partie de l’évaluation des patients pris en charge pour un sepsis. [1]

Quelle place à l’hôpital ?

À l’hôpital, le prélèvement d’une hémoculture fait partie des premières actions coordonnées de prise en charge du sepsis. [1] Chez l’enfant, au moins une hémoculture est recommandée avant l’antibiothérapie lorsque sa réalisation ne retarde pas l’administration du traitement. [1] Chez l’adulte présentant un sepsis et un risque élevé d’infection par une bactérie multirésistante, des tests microbiologiques à réponse rapide sont recommandés afin d’orienter plus vite la prise en charge. [1] L’identification du micro-organisme et de sa sensibilité permet ensuite aux équipes de réévaluer et d’adapter le traitement antimicrobien. [1]

Quand les examens ne doivent-ils pas retarder les soins ?

Le sepsis et le choc septique sont des urgences médicales qui nécessitent le début immédiat du traitement et de la réanimation. [1] En ville, lorsqu’un sepsis est suspecté, les recommandations demandent de contacter le 15 sans délai et d’organiser un transport médicalisé vers un établissement disposant de soins critiques. [1] Les prélèvements réalisés avant les antibiotiques ne sont appropriés que s’ils ne retardent pas leur administration dans les situations où celle-ci est urgente. [1]