Test RT-PCR de la Covid-19 : principe, prélèvement et résultat

Le test RT-PCR de la Covid-19 est un examen de biologie moléculaire qui recherche le matériel génétique du SARS-CoV-2 dans un prélèvement respiratoire. [1] [2] Son objectif est de détecter la présence du virus lorsqu’une infection est recherchée. [2] Il s’agit d’un test moléculaire, à distinguer des tests antigéniques qui recherchent un antigène viral et des tests sérologiques qui détectent les anticorps produits contre le virus. [1]

Que détecte la RT-PCR ?

RT-PCR signifie « réaction en chaîne par polymérase avec transcriptase inverse ». [2] Après l’extraction des acides nucléiques présents dans l’échantillon, la méthode copie de nombreuses fois une courte séquence génétique ciblée afin de la rendre détectable. [2] Cette séquence ne représente qu’une très petite partie du génome du virus. [2] Une sonde associée à un marqueur fluorescent permet de révéler l’amplification de la cible génétique. [2]

Comment le prélèvement est-il réalisé ?

Le test nécessite d’abord un prélèvement respiratoire, par exemple nasopharyngé. [2] Dans le cas d’un prélèvement nasopharyngé, l’échantillon est recueilli à l’aide d’un écouvillon introduit au niveau du rhinopharynx. [1] Le laboratoire extrait ensuite les acides nucléiques de ce prélèvement avant d’effectuer l’analyse par RT-PCR. [2]

Que signifie le signal obtenu ?

Dans la méthode décrite par l’Institut Pasteur, le test est déclaré positif lorsque l’amplification de la séquence génétique ciblée est détectée. [2] Pour le test IP2 développé par le Centre national de référence de l’Institut Pasteur, deux amorces et une sonde doivent reconnaître simultanément leurs séquences respectives pour produire un signal positif. [2] Si l’une de ces trois séquences ne se fixe pas dans ce dispositif, aucun signal n’est détecté et le résultat est négatif. [2]

Comment la fiabilité analytique est-elle contrôlée ?

Lors du développement de ses tests, le Centre national de référence a vérifié que l’association des trois séquences recherchées n’était pas présente simultanément chez un autre organisme que le SARS-CoV-2. [2] Des échantillons de contrôle positifs et négatifs ont également servi à évaluer la sensibilité, la spécificité et le risque d’amplification non spécifique. [2] Pour renforcer la fiabilité de ses analyses, ce centre recommande d’utiliser ses deux tests IP2 et IP4 sur un même échantillon, ce qui porte à six le nombre de séquences virales recherchées. [2]

Quelle différence avec une sérologie ?

La RT-PCR recherche directement du matériel génétique viral, tandis que la sérologie recherche des anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2. [1] Les anticorps pouvant mettre plusieurs semaines à se développer après l’infection, la sérologie ne doit pas être utilisée seule pour diagnostiquer une infection aiguë. [1]