Techniques bactériologiques des prélèvements respiratoires

Dans le contexte d’une infection pulmonaire, les techniques bactériologiques servent à rechercher des bactéries dans des prélèvements provenant notamment de l’arbre respiratoire ou du sang. [1] Elles peuvent associer l’examen microscopique du prélèvement, la mise en culture et, pour certains microorganismes, une recherche spécifique ou une technique de biologie moléculaire. [1] Ces analyses ne suffisent pas à elles seules pour diagnostiquer une pneumopathie aiguë, car le diagnostic repose sur un ensemble d’arguments cliniques, radiologiques et microbiologiques. [1]

Pourquoi rechercher une bactérie dans un prélèvement respiratoire ?

Les microorganismes responsables d’une infection bronchopulmonaire peuvent être des bactéries, mais aussi des virus ou des champignons. [1] Les bactéries susceptibles d’être en cause varient selon le contexte communautaire ou hospitalier, l’âge, le terrain immunitaire et, chez une personne ventilée, le moment de survenue de l’infection. [1] L’identification du microorganisme peut être tentée directement dans les voies respiratoires ou au moyen d’autres prélèvements et analyses, comme l’hémoculture, l’antigénurie ou la sérologie. [1] La stratégie diagnostique dépend donc du type de pneumopathie et du contexte clinique. [1]

Comment se déroule l’analyse d’un prélèvement bronchopulmonaire ?

La qualité du recueil est déterminante, car un prélèvement des voies respiratoires basses peut être contaminé par la salive et par les bactéries normalement présentes dans la bouche et la gorge. [1] Le prélèvement respiratoire est recueilli dans un récipient stérile puis acheminé rapidement au laboratoire afin de limiter la multiplication de bactéries commensales et la perte de viabilité de certaines bactéries recherchées. [1] Au laboratoire, un examen microscopique peut d’abord évaluer la qualité de l’échantillon en recherchant notamment les cellules épithéliales, qui peuvent signaler une contamination salivaire, et les leucocytes. [1] Un prélèvement jugé trop contaminé par la salive peut ne pas être mis en culture. [1]

La coloration de Gram fournit rapidement des informations sur les bactéries visibles dans un prélèvement bronchopulmonaire. [1] Sa sensibilité est toutefois limitée, notamment pour le pneumocoque, ce qui signifie qu’un résultat non contributif n’écarte pas à lui seul l’infection recherchée. [1] La culture classique permet de faire pousser les bactéries présentes dans l’échantillon afin de les identifier. [1] Pour les principales espèces bactériennes, les résultats de culture décrits dans la source sont généralement disponibles en 24 à 48 heures. [1] Certaines bactéries, notamment les légionelles, les nocardies, les actinomycètes et les mycobactéries, nécessitent une incubation plus longue. [1]

Pourquoi certaines recherches doivent-elles être demandées spécifiquement ?

Une culture standard ne recherche pas nécessairement toutes les bactéries susceptibles de provoquer une infection respiratoire. [1] La recherche de Legionella pneumophila, de Nocardia ou de Mycobacterium tuberculosis doit être demandée spécifiquement en raison de la nécessité d’une culture prolongée sur un milieu adapté. [1] La source décrit par ailleurs le recours à la biologie moléculaire pour rechercher Chlamydia pneumoniae et Mycoplasma pneumoniae. [1] Le choix des recherches à effectuer dépend donc des bactéries envisagées par le clinicien et du contexte de l’infection. [1]

Quelles sont les limites de l’examen des crachats ?

L’examen cytobactériologique des crachats est non invasif, mais son interprétation est souvent limitée par la contamination salivaire. [1] La présence de bactéries commensales peut masquer ou diluer la flore pathogène et rendre le résultat trompeur. [1] Les critères microscopiques habituels de qualité du prélèvement ne s’appliquent pas de la même manière à la recherche des légionelles et des mycobactéries. [1] Le résultat doit ainsi être interprété avec les symptômes, l’examen clinique, l’imagerie et les autres analyses microbiologiques. [1]