Charge bactérienne : définition, mesure et limites d’interprétation

Dans les exemples respiratoires présentés ici, la charge bactérienne désigne une estimation de la quantité de bactéries présente dans un prélèvement ; les modalités de cette estimation diffèrent selon la maladie étudiée, le type d’échantillon et la méthode de laboratoire. [1] [2] [3] Il ne s’agit pas du nom d’une maladie ni d’un symptôme, mais d’une mesure utilisée dans certains contextes cliniques ou travaux de recherche. [1] [2] [3] Un résultat de charge bactérienne doit donc être lu avec le nom du prélèvement, la bactérie recherchée, l’unité et la technique employée. [1] [2] [3]

Que mesure la charge bactérienne ?

Dans les études sur la dilatation chronique des bronches, ou bronchectasie, la charge bactérienne des voies respiratoires peut être exprimée en unités formant colonie par gramme de crachat. [2] Dans ce contexte, elle est employée comme marqueur du degré d’infection bactérienne chronique des voies respiratoires. [2] Pour la tuberculose, un test moléculaire appelé TB-MBLA quantifie la charge en bacilles tuberculeux dans les crachats en mesurant l’ARN ribosomal 16S par RT-qPCR. [1] Ces exemples ne sont pas interchangeables, car ils ne reposent ni sur la même maladie ni sur la même manière de compter les bactéries. [1] [2]

Culture, PCR et séquençage : des résultats différents

La culture évalue la croissance de bactéries vivantes dans des conditions de laboratoire, tandis que les méthodes moléculaires recherchent des composants comme l’ADN ou l’ARN. [1] [3] Dans la tuberculose, la microscopie des crachats et le test Xpert MTB/RIF ne distinguent pas les bacilles vivants des bacilles morts. [1] Le TB-MBLA cible au contraire l’ARN ribosomal 16S, dont la diminution après la destruction des mycobactéries sert à estimer l’évolution du nombre de cellules viables. [1] Dans les études du microbiote respiratoire, une PCR quantitative peut mesurer la charge bactérienne avant le séquençage afin d’identifier les échantillons contenant peu de bactéries. [3]

Pourquoi le prélèvement influence-t-il le résultat ?

Dans les prélèvements respiratoires, la quantité de bactéries mesurée varie notamment selon le type et le volume de l’échantillon ainsi que selon la zone anatomique prélevée. [3] L’âge, une infection aiguë, une exacerbation et l’exposition aux antibiotiques peuvent également modifier cette quantité. [3] Les crachats spontanément expectorés contiennent généralement davantage de matériel bactérien que certains prélèvements profonds obtenus par lavage bronchoalvéolaire. [3] Deux valeurs obtenues à partir de prélèvements ou de techniques différents ne décrivent donc pas nécessairement la même réalité microbiologique. [1] [2] [3]

Quelles sont les limites d’une faible charge bactérienne ?

Lorsqu’un échantillon contient très peu de bactéries, des traces d’ADN bactérien présentes dans les réactifs ou le matériel de laboratoire peuvent prendre une place importante dans le résultat du séquençage. [3] Cette contamination de fond peut conduire à attribuer au prélèvement des bactéries qui proviennent en réalité du processus de collecte ou d’analyse. [3] Les études sur les échantillons à faible charge doivent pour cette raison traiter des contrôles négatifs pendant les différentes étapes du prélèvement, de l’extraction et du séquençage. [3] Une faible quantité détectée ne peut ainsi être interprétée correctement sans connaître les contrôles et les limites techniques de la méthode. [3]

À quoi sert cette mesure pendant un suivi ?

Chez des adultes traités pour une tuberculose, la diminution de la charge bactérienne a été étudiée comme marqueur de la réponse au traitement et comme moyen de repérer plus tôt certains échecs thérapeutiques. [1] La revue disponible indiquait toutefois qu’aucune méthode moléculaire particulière ne s’était imposée comme marqueur supérieur pour ce suivi et que les méthodes phénotypiques restaient utilisées. [1] Le TB-MBLA était principalement employé dans la recherche et nécessitait une expertise moléculaire ainsi qu’un laboratoire équipé. [1] Ces données sur la tuberculose ne permettent pas de déduire la signification clinique, le suivi ou le traitement d’une charge bactérienne mesurée dans un autre organe ou pour une autre infection. [1] [2] [3]